科学研究：

研究方向：

主要从事生物信息学( Bioinformatics )、高性能计算( High Performance Computing )的应用研究。

承担的科研项目情况：

1、国家自然科学基金委资助项目 《基于蛋白质结构域插入事件的结构域架构进化研究》（30571037）（2006-2008年）

2、教育部科学技术研究项目 《蛋白质与蛋白质相互作用数据库及其生物信息学分析环境》（105011）（2005-2007年）

3、留学回国人员科研启动基金（2004年527号）

4、863国际合作项目《蛋白质与蛋白质相互作用数据库及其应用》（2003AA231030）（2004年）

5、教育部“优秀青年教师资助计划”《基因功能分类的数据挖掘研究》（2004-2006年）

6、国家自然科学基金《机器学习在基因功能分类中的应用研究》（30240026）（2003年）

科研成果：

多细胞生物起源及其与癌发生的比较研究 牛登科; 林魁; 张大勇 【科技成果】北京师范大学 2009-01-01

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发明专利：

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论文专著：

出版专著：

1 Lin K, Liu JH, Miller L, and Wong L. Genome-wide cDNA Oligo Probe Design and its Application in Schizosaccharomyces Pombe. The Practical Bioinformatician, edited by Limsoon Wong. Chapter 15, pp347--358. World Scientific, New Jersey, May 2004.

2 Kolatkar P and Lin K. Construction of Biological Databases: A Case Study on the Protein Phosphatase Database (PPDB). The Practical Bioinformatician, edited by Limsoon Wong. Chapter 18, pp401--416. World Scientific, New Jersey, May 2004.

3 Kolatkar P and Lin K. PPiDB - A Protein-Protein Interactions Database. CONFORMATIONAL PROTEOMICS of Macromolecular Architecture edited by R Holland Cheng & Lena Hammar (Karolinska Institutet, Sweden). Chapter 19, pp391--402. World Scientific, Singapore, June 2004.

发表论文：

英文：

1 Qing-Lan Sun, Hong-Jun Zhou, Kui Lin*. (2005) The Evolutionary Relationship of the Domain Architectures in the RhoGEF-containing Proteins. Genomics, Proteomics & Bioinformatics (GPB). 3:94-106.

2 Kui Lin* and Da-Yong Zhang (2005). The excess of 5’ introns in eukaryotic genomes. Nucleic Acids Research 33:6522-6527. [Online PDF]

3 Xu Peng,R. Krishna Murthy Karuturi,Lance D. Miller,Kui Lin ,Yonghui Jia,Pinar Kondu, Long Wang,Lim-Soon Wong,Edison T. Liu,Mohan K. Balasubramanian,and Jianhua Liu. (2004). Identification of Cell Cycle-regulated Genes in Fission Yeast. Mol. Biol. Cell 10.1091/mbc.E04-04-0299.[Online PDF]

4 Zhang DY, Lin K, Hanski I.(2004). Coexistence of cryptic species. Ecology Letters . 7:165-169. [Online abstract]

5 Lin K , Tan SB, Kolatkar PR, Epstein RJ.(2003). Nonrandom intragenic variations in patterns of codon bias implicate a sequential interplay between transitional genetic drift and functional amino acid selection. J Mol Evol. 57(5):538-545. [PubMed]

6 Niu DK, Lin K *, Zhang DY.(2003). Strand compositional asymmetries of nuclear DNA in eukaryotes.J Mol Evol. 57(3):325-34. [PubMed]

7 Ng SK, Zhang Z, Tan SH, Lin K. (2003). InterDom: a database of putative interacting protein domains for validating predicted protein interactions and complexes. Nucleic Acids Research 31 (1):251-254. [PubMed]

8 Lin, K. , Kuang, Y.Y., Joseph, J.S. & Kolatkar, P.R. (2002) Conserved codon usage composition of ribosomal protein-coding genes in Escherichia coli, Mycobaterium tuberculosis and Saccharomyces cerevisiae: lessons from supervised machine learning in functional genomics. Nucleic Acids Research 30(11):2599-2607. [PubMed]

9 Epstein, R.J., Lin, K. & Tan, T.W. (2000). A functional significance for codon third bases. Gene 245(2):291-298. [PubMed]

10 Kangueane, P., Sakharkar, M.K., Lim, K.S., Han H., Lin K. , Chee, R.E. & Kolatkar, P.R. (2000). Knowledge based grouping of modeled HLA peptide complexes, Human Immunology 61:460-466. [PubMed]

11 Lin, K. , Ting, A., Wang, J.R. & Wong, L. (1998) Hunting TPR domain using Kleisli. Proceedings of 9th Workshop on Genome Informatics, Tokyo, Japan, 173-182. [PubMed]

12 Zhang, D.Y. & Lin, K. (1997). The effects of competitive asymmetry on the rate of competitive displacement: how robust is Hubbell’s community drift model? Journal of Theoretical Biology 188:361-367.

中文：

1 高等学校生命科学数字化教育环境与平台建设浅析 刘建武; 王英典; 林魁; 葛剑平 北京师范大学生命科学学院 【期刊】中国现代教育装备 2005-05-15

2 miRNA与其靶mRNA的相互作用:绑定位点的质量与数量特征的整合计算分析(英文) 付聪; 林魁 北京师范大学生命科学学院 【期刊】生物化学与生物物理进展 2009-05-15

3 浅谈微生物基因组的进化研究 林魁 北京师范大学生命科学学院 【期刊】生物学通报 2008-05-20

荣誉奖励：

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