农业和农村经济的健康发展是国民经济持续、稳定和协调发展的根本保证。我国农业正受到耕地减少、水资源不足、农业生态环境日益恶化的严重威胁。保证21世纪我国16亿人口的食物安全，任务非常艰巨。加入WTO后，既给我国农业发展带来了机遇，也使农产品进出口贸易面临严峻的挑战。根据国家经济和社会发展对农业领域基础研究的重大需求，针对加入WTO后我国农业面临的新形势，农业领域基础研究的工作重点是：瞄准世界农业科学研究发展的前沿，紧紧围绕我国农业发展的重大科学问题，重点开展农业生物基因组学与农产品品质改良、农业主要病虫害可持续控制、农业生物资源的保护和利用、农业生态环境的改善和农业资源的高效利用等方面的基础研究，进一步增强农业科技原始创新的能力。要在实现农业增产的同时，为调整农业结构、提高农业效益、增强国际竞争能力、改善农业生态环境提供科学支撑，为确保我国农业这个国民经济的基础产业稳步增长做出贡献。
    “十五”后三年重点研究方向是：
1、重要农业动植物功能基因组学研究
2、重要农业动植物品质改良及其安全问题
3、农作物病虫害控制与农业动物重大疫病防治
4、农业生物资源的保护和利用
5、农业资源环境保护与生态系统
6、农作物水、养分、光能高效利用